Od srpnja 2019. funkciju ravnatelja Instituta obnaša dr. sc. Vjekoslav Bratić. U Institutu je zaposlen od 2000. godine prvo kao znanstveni novak, a zatim u zvanju višeg asistenta, znanstvenog suradnika, višeg znanstvenog suradnika te naposljetku znanstvenog savjetnika. Ujedno je i naslovni redoviti profesor na Ekonomskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu. Autor je i koautor brojnih znanstvenih članaka iz područja ekonomike javnog sektora, lokalnih financija, proračuna i proračunskog procesa, poreznih izdataka i financiranja vjerskih zajednica. Diplomirao je i magistrirao na Ekonomskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu, a doktorirao 2007. na Fakultetu političkih znanosti Sveučilišta u Zagrebu te 2010. na Ekonomskom fakultetu Sveučilišta u Splitu.
Kao ravnatelj odgovoran je za zakonitost rada, organizaciju rada i poslovanje Instituta te druge poslove propisane Statutom Instituta.
Ravnatelja imenuje i razrješuje Upravno vijeće na temelju javnog natječaja na vrijeme od četiri godine.