Tijela Instituta čine upravno vijeće, ravnatelj i znanstveno vijeće.
Upravno vijeće donosi Statut i druge opće akte Instituta; program rada i razvoja Instituta i nadzire njihovo izvršavanje; financijski plan za tekuću godinu; proračun Instituta na prijedlog ravnatelja i uz prethodnu suglasnost ministra nadležnog za znanost; odlučuje o godišnjem obračunu i raspodjeli dobiti; predlaže osnivaču promjenu naziva, sjedišta i djelatnosti Instituta; donosi u drugom stupnju pojedinačne odluke u svezi radnih odnosa zaposlenika Instituta; daje osnivaču, ravnatelju i znanstvenom vijeću prijedloge i mišljenja o pojedinim pitanjima; odlučuje o pitanjima koja Statutom nisu stavljena u nadležnost drugih tijela Instituta; imenuje i razrješuje ravnatelja Instituta; te obavlja druge poslove određene zakonom i/ili Statutom.
Ravnatelj je voditelj Instituta, predstavlja i zastupa Institut i odgovoran je za zakonitost rada Instituta. Organizira i vodi rad i poslovanje Instituta, a osobito izvršava odluke Upravnog vijeća, provodi Statut i druge opće akte Instituta i donosi upute u svezi s tim, predlaže Upravnom vijeću program rada Instituta, financijski plan i proračun za tekuću godinu, podnosi Upravnom vijeću godišnji obračun i prijedlog raspodjele dobiti, odlučuje o zasnivanju i prestanku radnog odnosa zaposlenika, predlaže Upravnom vijeću donošenje Statuta i drugih općih akata te zastupa Institut u svim postupcima pred sudovima, upravnim i drugim državnim tijelima.
Znanstveno vijeće je stručno vijeće Instituta za javne financije koje, između ostaloga prema Statutu, utvrđuje i provodi znanstvenu politiku Instituta; raspravlja i odlučuje o znanstvenim i stručnim pitanjima iz rada Instituta; provodi dio postupka izbora u znanstvena zvanja, kad je Institut za to ovlašten; provodi postupke izbora na znanstvena, suradnička i stručna radna mjesta; imenuje i razrješuje jednog člana Upravnog vijeća; predlaže Upravnom vijeću kandidate za natječajni odbor za izbor ravnatelja Instituta; raspravlja o proračunu Instituta i daje prethodno mišljenje ravnatelju Instituta o proračunu.