Upravno vijeće Instituta ima pet članova ‒ predsjednika i dva člana imenuje Ministarstvo znanosti i obrazovanja, jednog člana tajnim glasovanjem izabiru članovi Znanstvenoga vijeća Instituta, a jednog člana imenuju i opozivaju zaposlenici Instituta neposrednim i tajnim glasovanjem. Mandat članova Upravnog vijeća traje četiri godine.
Članovi Upravnog vijeća Instituta za javne financije su:
- prof. dr. sc. Domagoj Karačić, Ekonomski fakultet Sveučilišta u Osijeku (predsjednik)
- prof. dr. sc. Ivan Pavić, Ekonomski fakultet Sveučilišta u Splitu
- Doria Petričević, dipl. oec.
- dr. sc. Bojan Morić Milovanović, Institut za javne financije, predstavnik Znanstvenog vijeća
- dr. sc. Slavko Bezeredi, Institut za javne financije, predstavnik zaposlenika