Upravno vijeće Instituta za javne financije ima pet članova, od kojih predsjednika i dva člana Upravnog vijeća imenuje Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta, jednog člana tajnim glasovanjem izabiru članovi Znanstvenoga vijeća Instituta, a jednog člana imenuju i opozivaju radnici Instituta neposrednim i tajnim glasovanjem. Mandat članova Upravnog vijeća traje četiri godine.

Članovi Upravnog vijeća Instituta za javne financije su:

prof. dr. sc. Domagoj Karačić, Ekonomski fakultet Osijek (predsjednik)
prof. dr. sc. Ivan Pavić, Ekonomski fakultet Split
Doria Petričević, dipl. oec.
dr. sc. Josip Franić, Institut za javne financije, predstavnik Znanstvenog vijeća
dr. sc. Slavko Bezeredi, Institut za javne financije, predstavnik radnika