Ravnatelja Instituta imenuje i razrješuje Upravno vijeće na temelju javnog natječaja na vrijeme od četiri godine. Od 18. srpnja 2019. poslove ravnatelja Instituta za javne financije obavlja dr. sc. Vjekoslav Bratić.
Osim ravnatelja, tim Instituta čine istraživači, stručne službe i administrativno osoblje.
Istraživači sudjeluju na izradi znanstvenih i stručnih projekata. Redovito održavaju konzultacije s predstavnicima europskih i svjetskih financijskih institucija. Članovi su brojnih povjerenstava, radnih i savjetodavnih tijela Predsjednika Republike, Vlade, Sabora, ministarstava i agencija.
Stručne službe obuhvaćaju sve opće poslove nužne za djelatnost i rad Instituta. To su pravni, financijsko-računovodstveni, kadrovski, opći, administrativni poslovi, knjižničarski te arhivski poslovi.