Institut za javne financije zapošljava 20 djelatnika, a predstavlja ga i zastupa ravnatelj Instituta. Prema Statutu, ravnatelj je odgovoran za zakonitost rada Instituta, organizira i vodi rad i poslovanje Instituta, izvršava odluke Upravnog vijeća, provodi Statut i druge opće akte Instituta i donosi upute u svezi s tim, predlaže Upravnom vijeću program rada Instituta, financijski plan i proračun za tekuću godinu, podnosi Upravnom vijeću godišnji obračun i prijedlog raspodjele dobiti, odlučuje o zasnivanju i prestanku radnog odnosa zaposlenika, odlučuje o pravima iz radnog odnosa u prvom stupnju i odgovoran je za druge poslove propisane Statutom Instituta.

Ravnatelja Instituta imenuje i razrješuje Upravno vijeće na temelju javnog natječaja na vrijeme od četiri godine. Od 18. srpnja 2019. poslove ravnatelja Instituta za javne financije obavlja dr. sc. Vjekoslav Bratić.

Osim ravnatelja, tim Instituta čine istraživači, stručne službe i administrativno osoblje.

Istraživači sudjeluju na izradi znanstvenih i stručnih projekata. Redovito održavaju konzultacije s predstavnicima europskih i svjetskih financijskih institucija. Članovi su brojnih povjerenstava, radnih i savjetodavnih tijela Predsjednika Republike, Vlade, Sabora, ministarstava i agencija.

Stručne službe obuhvaćaju sve opće poslove nužne za djelatnost i rad Instituta. To su pravni, financijsko-računovodstveni, kadrovski, opći, administrativni poslovi, knjižničarski i arhivski poslovi, dostavna služba te poslovi upravljanja i održavanja poslovnog prostora.